品种繁多的有机颜料可以有不同的分类方法，但最常用的是按其分子化学结构中含有特定的发色基团或官能团实施化学结构分类，分为偶氮颜料，酞菁颜料，高性能有机颜料及其他类有机颜料。其中偶氮颜料产量最大，据报道，有机颜料中偶氮颜料约占总产量的50%，酞菁颜料占40%，其他10%。
1． 偶氮颜料
不溶性单偶氮颜料；不溶性偶氮类颜料；β-萘酚类颜料；色酚AS类颜料；偶氮综合颜料；苯并咪唑酮杂环类颜料；偶氮色淀类颜料。
此类颜料发展较早，又称为经典颜料，一般色泽鲜艳，着色力强，但是有些品种的耐晒性能、耐溶剂、耐热等性能，还不能够达到较高的要求。
2． 酞菁类颜料
铜酞菁颜料；卤代铜酞菁颜料；无金属及其他金属酞菁类颜料；铜酞菁色淀颜料。
此类颜料耐酸碱，耐溶剂，又有极好的耐光和耐气候，是具备各项优异性能的一类颜料，因此在有机颜料中，占有很重要的地位。
3． 高性能有机颜料
此类颜料是为了改善偶氮颜料性能，从而达到耐热、耐光、耐气候、耐溶剂、耐迁移性优良性能，例如，缩合型的偶氮颜料。但这类颜料化学结构复杂，所用的中间体制备过程长，又要花费大量治理“三废”的资金，因此售价昂贵，仅供有特殊的要求的行业选用。
4． 其他类有机颜料
硝基及亚硝基颜料；氮次甲基类颜料；茜素类色淀颜料；三芳甲烷类色淀颜料。
此类颜料主要应用于油墨行业，但用量不大。